Agencija za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju je javno tijelo nadležno za operativnu provedbu mjera izravne potpore, mjera ruralnog razvoja, mjera za pomorstvo i ribarstvo (u dijelu delegiranih funkcija) i mjera zajedničke organizacije tržišta, kao i vođenje upisnika i registara te održavanje i korištenje Integriranog administrativnog i kontrolnog sustava (IAKS-a) preko kojeg se zaprimaju, obrađuju i kontroliraju izravna plaćanja poljoprivrednicima.
U koordinaciji s Minista